ファゴットのはっきりした起源や成り立ちはいまだに不明ですが、ダブルリードのU字型の低音楽器はすでに１６世紀に現れ、１７世紀初期には、ディスカント・ファゴットからクイント・ファゴットまで、音域が違う５種類の楽器があったことが、わかっています。

　１８世紀に入って、元来キーが２つだったものにキーが付加され４キー式のファゴットが標準型となりました。その後、ドイツ、イギリスなどで改良が進められ、１９世紀までには８キー式のファゴットが製作されました。
　
　１９世紀以降はフランス式とドイツ式のそれぞれの規格が明確になったことで現在のファゴットが完成されました。ほとんどの国で使われている現在のファゴットは、１８８０年頃ドイツの楽器メーカー、ヘッケル社が完成させた「ヘッケル式」と呼ばれるものです。